До XIV века территория современной Молдавии, в разное время, была частью владений различных племенных союзов (гето-даки, готы, анты, тиверцы) и государственных образований (Киевская Русь, Галицкое княжество, Золотая Орда).

В середине XIV века здесь хозяйничали кочевники Золотой орды. В 1351 году по приказу венгерского короля Лайоша I Великого воевода Драгош покинул Марамуреш для установления оборонительного рубежа против Золотой Орды.

В результате его кампании монголы отступили на восток от реки Днестр. На освободившейся территории Драгошу

было разрешено создать своё княжество, с целью защиты Венгрии от монголов. Оно было создано волохами и русинами[28]. Первоначальной резиденцией княжества был современный город Байя или Баня, тогда называемый «Молдавия». Затем несколько лет спустя резиденция была перенесена в Сирет, откуда позже в Сучаву.

В XVI—XVIII веках Молдавское княжество находилось под властью Османской империи. Польский историк XVI века Леонардо Горецкий, говоря о Молдавии и молдаванах, отмечал:
Вера и обряды молдаван весьма близки к церкви греческой и армянской; священники у них женятся. Молдаване особенно славятся конницей, даже беднейшие из них имеют верховых лошадей, годных для походов и сражений. Подобно венграм, они вооружены щитом, шлемом и копьём

В 1503 году Османская империя присоединила Бессарабию (Буджак), где были построены крепости Бендеры и Измаил. Аккерман и Килия с округой стали турецкими административными единицами — райя, в 1538 году новая райя была образована на отторгнутой у Молдавского княжества бессарабской территории с центром в Бендерах — Тигина. В 1591 и 1621 годах райя были созданы в районах Измаила и Рени.

В 1711 году молдавский господарь Дмитрий Кантемир в Яссах присягнул на верность России. В результате неудачного для Российской армии Прутского похода он со своей семьёй и придворными переселился в Россию, где стал одним из приближенных Петра I, Молдавское княжество осталось вассалом Османской империи.
Молдавская ССР 1940 год
В конце XVIII века в результате русско-турецкой войны к Российской империи отошло левобережье Днестра. По итогам Бухарестского мира, Османская империя в 1812 году уступила России Бессарабию. На освобождённой от владычества османов территории, была образована Бессарабская губерния, которая более 100 лет (1812—1917 годы) входила в состав Российской империи. В 1858—1861 годах остатки Молдавского княжества и Валахия объединились в государство, которое получило впоследствии название Румыния, освободившаяся от вассальной зависимости от турок после Русско-турецкой войны (1877—1878) гг. После вхождения восточной части Молдавского княжества в состав Российской империи в ней продолжал развиваться молдавский язык на кириллице, в то время как в западной части княжества, вошедшей в состав Румынии, произошла «чистка» языка от славянизмов и в 1862 году язык был переведён на латинскую графику.

В 1917 году, после распада Российской империи, на территории бывшей Бессарабской губернии провозглашена Молдавская Демократическая Республика.

27 марта (9-10 апреля) 1918 году Бессарабия вошла в состав Румынии (при этом советское правительство считало Бессарабию «оккупированной частью советской территории»). В 1924 году на территории Украинской ССР была образована Молдавская АССР.

Бессарабия находилась в составе Румынии 22 года — в период с 27 марта (9-10 апреля) 1918 года (когда Сфатул Цэрий (Совет Края) Молдавской Демократической Республики проголосовал за объединение Бессарабии с Румынией) до 28 июня 1940 года.
28 июня 1940 года, в результате подписания пакта Молотова — Риббентропа, Румыния была вынуждена уступить Бессарабию и Северную Буковину СССР. В результате была образована Молдавская ССР. Во время Великой Отечественной войны была оккупирована германскими и румынскими войсками; румынской администрацией было образовано Губернаторство Бессарабия. На его территории были убиты и умерли в концлагерях 120 тыс. жителей Молдавии, в том числе 90 тыс. евреев. 24 августа 1944, в результате Ясско-Кишинёвской операции, территория МССР была освобождена советскими войсками.

Вскоре после этого по постановлению Совета Министров СССР о выселении с территории Молдавии «бывших помещиков, крупных торговцев, активных пособников немецким оккупантам, лиц, сотрудничавших с немецкими органами полиции, участников профашистских партий и организаций, белогвардейцев, а также семей всех вышеперечисленных категорий» были «раскулачены», репрессированы и депортированы в Казахстан и Сибирь 35 тыс. жителей Молдавии (им было позволено вернуться в Молдавию после 1957 года). При помощи других республик СССР началось восстановление и строительство экономики Молдавской ССР. (см. Молдавская ССР). Одновременно с этим началась активная «советизация» республики, выраженная в том числе во внедрении русского языка, как языка межнационального общения народов СССР, действующего, официально, наравне с молдавским языком, а также в продвижении на руководящие должности партийных работников из соседних республик. При этом, в отличие от других советских республик (Прибалтики, западной Белоруссии или западной Украины), в Молдавии это не вызывало сколько-нибудь значительного протеста и создания подпольных антисоветских движений.

В 1989 году появились организации, выступающие за национальное возрождение молдаван: «Клуб А. Матеевича», «Молдавское демократическое движение», «Демократическая лига студентов», «Ассоциация историков» и другие, которые впоследствии объединились в Народный фронт Молдовы. Вначале эти организации выступали за придание официального статуса молдавскому языку, за переход на латинскую графику, принятие в качестве государственного флага румынского триколора и т. д. Но очень скоро из молдавского национального это движение превратилось в прорумынское.

27 августа 1991 провозглашена независимость Молдавии.

Конфликт между молдавскими и приднестровскими властями, начавшийся в 1989, в 1992 привёл к вооружённому противостоянию и многочисленным жертвам с обеих сторон. Боевые действия удалось прекратить благодаря вмешательству России. В настоящее время безопасность в зоне конфликта обеспечивают Совместные миротворческие силы Российской Федерации, Республики Молдова, Приднестровской Молдавской Республики и военные наблюдатели от Украины (наблюдатели отозваны из Приднестровья 17 марта 2022 года).

В ходе многочисленных переговоров при посредничестве России, Украины и ОБСЕ достигнуть соглашения по поводу статуса Приднестровья пока не удалось; отношения между сторонами конфликта остаются напряжёнными.

В 1994 году принята Конституция, действующая до сих пор.